Řešení příkladů - translace vlákna
Dobrý den,
měla bych pár dotazů ohledně příkladů obsahujících translaci.
a) Když dostanu v zadání hypotetickou sekvenci DNA, která neobsahuje iniciační kodon, mám i přesto v testu provést translaci?
b) Pokud daná sekvence obsahuje iniciační kodon, mám začít translaci až od něj, nebo přeložit celé vlákno. Logika věci mi radí v tomto případě začít až od iniciačního kodonu, ale vyděla jsem několik řešení, kde překládali celé vláknou aniž by brali v potaz iniciační kodon.
Děkuji za odpověď
RE: Řešení příkladů - translace vlákna
Dobrý den,
to je otázka, na kterou neexistuje jediná odpověď, neboť zadání testových úloh se mezi jednotlivými školami liší a existuje jiné posuzování správných odpovědí.
Pokud je v zadání úkol - provést transkripci a následně translaci hypotetického vlákna DNA, potom bych tuto translaci provedl bez ohledu na nepřítomnost iniciačního kodónu.
Pokud by v daném vláknu iniciační kodón byl, potom dosti záleží na zadání příkladu. Pokud je cílem příkladu nalézt ORF (open reading frame), potom samozřejmě s translací začnete až od iniciačního kodónu. Pokud tato součást úkolu v zadání není, potom bych spíše očekával, že je nutné přepsat celé vlákno. Nezapomeňte,že triplet AUG kóduje methionin a dle potřeby se vyskytuje i uprostřed molekuly mRNA, není tam jen ten první - iniciační.
Každopádně - správné postupy se mohou určitě dle jednotlivých škol lišit. Ty příklady jsou spíše jen modelovou ukázkou a je v nich přítomno velké zjednodušení.
S pozdravem
AŠ
Děkuji za odpověď. Jedná se
Děkuji za odpověď.
Jedná se o 1. LF a bohužel se leckdy neshodnou ani vyučující, jak by se daný příklad měl řešit. Ale máte pravdu, že pokud je to hypotetické vlákno, tak tam ten iniciační kodon asi být nemusí.
Ještě jednou děkuji za odpověď.
RE: Děkuji za odpověď. Jedná se
Dobrý den,
tak teď jsem poněkud zmatený :-) Na 1. LF UK učím genetiku i já - a co jsem se ptal dnes kolegů, tak nikdo nezaznamenal s tímto typem příkladů nějaké problémy - zadání bývá zcela jasné. Pokud jsou s určitým typem příkladů či jejich zadáním potíže - určitě neváhejte kontaktovat své vyučující - jistě Vám rádi pomohou.
S pozdravem
AŠ